第3集剧情:失去真理仪
清晨醒来，莱拉打算回牛津，去找玛丽院士。威尔已引起警方注意，所以莱拉在桌上留下字条，背上背包，独自穿过裂隙，来到圣彼得学院。刚转进走廊，就看到玛丽院士面色紧张的从办公室出来。玛丽一见到莱拉，立刻把她拽进电梯。已有警察找上了门，正询问莱拉的事。
这时，电梯打开，沃尔特斯警官一脸严肃的站在门口。见逃不了，玛丽只好和莱拉一起回到办公室。莱拉故作镇定，自称叫莉兹，对沃尔特斯的问话也是对答如流。沃尔特斯只是问些简单问题，就是在等莱拉进入这种状态。猛然间问出是否和威尔在一起，莱拉想都没想就给出肯定回答。
莱拉一惊，知道中计。一旁的玛丽看出不对劲，上前挡住沃尔特斯，右手绕到背后，朝着莱拉打出快逃的手势。莱拉不敢怠慢，拔腿跑出学院。潘变身喜鹊，飞上空中为莱拉查看逃跑线路。一辆轿车驶来，停在路边，查尔斯从车里探出头打招呼。沃尔特斯正从后面追来，莱拉别无他法，只好钻进查尔斯的车，摆脱追查。
查尔斯似乎没有注意到有人在追莱拉，车子开出一段距离后，还好心提醒系上安全带。车上的安全带又紧又不舒服，莱拉拿下背包才能系上。而查尔斯眼神不善，还问些奇怪问题，莱拉这才意识到，他有可能跟警察是一伙的。在莱拉强烈要求下，车子停了下来。莱拉心慌意乱的跳下车，连背包都忘了拿。等她从查尔斯手里接过背包，才发现包里的真理仪不翼而飞。再想要回来，查尔斯的车已消失在街角。
没有真理仪的指引，就不可能找得到威尔的父亲。莱拉手足无措，瘫坐在街心公园的长椅上暗自落泪，直到威尔穿过裂隙找了过来。威尔醒来后见不到莱拉，先在喜鹊城找了一圈。寻找过程中，他发现城中尖塔里有人影闪动。这座没有门进出的塔里怎么会有人出没，他心中起疑，却没有前去探个究竟。
威尔没找到莱拉，回到屋里，才看见桌上的字条，立刻赶了过来。听说真理仪丢失，也万分焦急。有威尔在场，莱拉心里平静了一些，想起在博物馆的时候，查尔斯给过一张名片。从口袋里掏出名片，上面有查尔斯的住址。白天去不太安全，二人等到天黑，才敲开查尔斯家的大门。
查尔斯打开门，没有丝毫意外之色，像是在等着莱拉到来。莱拉和威尔进了门，开口索要遗落在车里的小盒子。查尔斯没有多说话，从隐蔽的酒柜里拿出真理仪，还叫出了莱拉和威尔的真名。莱拉这才想起，刚到伦敦时，母亲为她举办的派对上就见过查尔斯。
查尔斯的另一个身份是教会法庭执行官博雷尔，对莱拉和威尔的身份，以及真理仪的用处自然了如指掌。但他没打算按教会规定没收真理仪，而是提出一个条件。相传连通各个世界的通道，是由一把刀割开时空产生。刀的拥有者住在由天使环绕的塔中，莱拉用那把刀就能换回真理仪。
威尔心中一懔，想起喜鹊城中尖塔里晃动的人影。或许那里就是博雷尔所说的天使之塔，那把能打开世界通道的刀可能也在那里。想到这，威尔答应了博雷尔的要求，用刀换真理仪。
与此同时，在另一个世界，教会持续强势打击女巫。女巫们失去了家园，却没有失去希望。塞拉芬娜派出精灵前往斯瓦尔巴特群岛，请求披甲熊王尤雷科务必找到并保护莱拉。李也在努力寻找格鲁曼，据说格鲁曼有件神器，能帮助莱拉实现预言。他乘坐着气球，随风飘荡。每到一个城镇，都会打听格鲁曼的下落。皇天不负有心人，他终于在萨莫斯基的旅馆里打听到格鲁曼曾在此处的天文台工作过几年，之后就不知去向。
李来到天文台。一辈子都在天文台工作的哈利博士当然记得格鲁曼，还知道格鲁曼去了叶尼塞河上游。不过，哈利博士是教会坚定的拥挤者，在他眼里，格鲁曼是个离经叛道的异教徒。他一边稳住李，一边向教会警察报警。见李要离开，他甚至从背后开枪偷袭。李拔出手枪，仓促应战，不幸误中哈利博士要害。
李被关进镇上的监狱，饱受折磨。库尔特夫人闻讯而来，恨不得从他的脑袋里挖出所有关于莱拉的事情。谁知李淡然一笑，莱拉是预言中能改变所有世界命运的孩子，就算失去性命，李也不会说出半个字。生命都可以舍弃，何况曲曲酷刑。
库尔特夫人不禁心生惭愧，相对于自己的所作所为，李更像莱拉的保护者。为此，库尔特夫人趁人不备，偷出钥匙放走李。而在她找到莱拉之前，请李一定要保护莱拉安然无恙。李溜出监狱，想取回被警察扣押的气球已不可能，只有找条船，沿河而上，继续寻找格鲁曼的旅程。
